El cultivo del cacao en El Salvador no es nada nuevo. Antes y durante la conquista española, el país fue uno de los centros de mayor producción y venta de cacao, siendo la región de Izalco la mayor productora de cacao en América. Actualmente el Salvador  ocupa el segundo  lugar en Centroamérica como exportador de productos terminados a base de cacao. Su industria está orientada a la producción de bienes terminados como: chocolate, cocoa en polvo endulzada y cobertura de chocolate, teniendo como principales  compradores a Guatemala, Honduras, Nicaragua y Estados Unidos.

El Salvador es deficitario en la producción de granos de cacao, en promedio importa de Centroamérica cerca del 71 % de sus requerimientos anuales, Nicaragua siendo su principal abastecedor. De la producción nacional de cacao en granos que se genera,  un porcentaje muy pequeño, cerca del  8 %, se exporta como cacao fino de aroma y su principal mercado es Honduras y Estados Unidos.

En el 2016 el Centro de Tecnología Agropecuaria CENTA, realiza esfuerzos para recuperar el germoplasma autóctono de la región de los Izalcos, el que se ha ido perdiendo con el paso del tiempo y  que es reconocido por su alta calidad genética.

La Alianza Cacao, como instrumento de política pública, será quién trabajará en función de la modernización del sector cacaotero, dinamizando la investigación, la transferencia de los conocimientos científicos, la producción y reproducción del material vegetativo de alta calidad, la formación de recursos humanos en diferentes niveles y el fortalecimiento institucional, tanto de las diferentes instancias públicas, como de las instituciones privadas y organizaciones de productores. Así mismo promoverá el dialogo entre los diferentes eslabones de la cadena de valor, con la finalidad de articularla y dejar la cadena de valor sobre la base de un desarrollo económico con bienestar social y ambiental.